Самое короткое время получения данных секвенирования!

MiSeq - это единственный секвенатор нового поколения (NGS), совмещающий в в одном приборе амплификацию, секвенирование и анализ данных. При этом размеры прибора составляют всего ~ 0,5 метра и для его работы не требуется дополнительного оборудования.

Персональный секвенатор MiSeq – это компактная и экономичная платформа, позволяющая осуществлять в течение нескольких часов такие стандартные эксперименты, как секвенирование ампликонов, проверка клонов и секвенирование небольших геномов, что гораздо быстрее и дешевле стандартных платформ для секвенирования методом капиллярного электрофореза. Miseq так же обеспечивает доступ к таким мощным методикам секвенирования нового поколения, как мультиплексное секвенирование ампликонов, направленное ресеквенирование, ChIP-Seq, секвенирование малых РНК и т.д.




Данные находятся в свободном доступе. Получить более подробную информацию, а также загрузить презентацию (в формате pdf) со сравнительными данными запусков на платформах HiSeq, MiSeq и Ion Torrent PGM можно на веб-сайте Illumina:
http://www.illumina.com/systems/miseq/ecoli.ilmn

Краткое изложение  приведенных Illumina данных сравнительного анализа результатов работы приборов PGM и MiSeq (подробнее здесь)

Проанализировали опубликованные данные по результатам секвенирования E.coli (N=21)на платформе Ion Torrent PGM (далее IT) и сравнили их с производительностью MiSeq по целому ряду параметров:

1) Среднее количество полученных данных за запуск:

IT                 11 - 24Mb (в зависимости от района секвенирования)

MiSeq           1.7Gb (при парноконцевом секвенировании 2x150 пн)

2) Усреднённые показатели коэффициента качества чтения Q score/за запуск:

IT                 Q17 - Q19 (в зависимости от района секвенирования),

MiSeq           Q31

3) Показатель качества прочтения:

IT данные ~ Q10, при длине считываемого фрагмента 100bp

MiSeq         > Q20, при длине считываемого фрагмента 150bp

4) Средние показатели глубины прочтения /за запуск

IT от 2 до 5x,

MiSeq - 393x ( ~5Mb E coli)

Дополнительные данные, полученные при помощи секвенирования на MiSeq также находятся в свободном доступе - http//www.hpa-bioinformatics.org.uk/lgp/genomes  - и включают набор из 5 штаммов E. coli, относящихся к «европейской вспышке». Нуклеотидная последовательность штаммов была определена de novo, при использовании двух контрольных штаммов E.coli в результате всего лишь одного запуска прибора MiSeq.


Выводы:

•             MiSeq – это единственная система, позволяющая провести полностью эксперимент и получить ответ за один день, включая обработку данных. Среди преимуществ протокола работы MiSeq –простая в использовании и быстрая технология пробоподготовки Nextera и полностью автоматизированная система генерации данных.

•             MiSeq генерирует данные высокого качества на протяжении всего запуска - 150bps. Доступные данные демонстрируют качество данных >Q20 @ 150bp.

•             MiSeq позволяет получать исключительную глубину прочтения и данные высочайшего качества благодаря использованию обновлённой химии в наборах для генерации кластеров v3.

Исключительное покрытие генома при сравнении единственных опубликованных данных секвенирования E.coli на платформе IT (EdgeBio) 92.68% против 99.1% покрытия на платформе MiSeq.

•            Опубликованы данные по парноконцевому секвенированию на платформе MiSeq с длиной чтения фрагментов 2x150 bp.

•            MiSeq продемонстрировал, что 90% всех проанализированных нуклеотидов соответствовал показателю качества >Q30.

Компания "ИнтерЛабСервис" - официальный дистрибьютор ILLUMINA на территории России и стран СНГ.

По вопросам, связанным с продукцией ILLUMINA обращайтесь к специалистам отдела молекулярно-биологических исследований по тел. +7 (495) 664 2884 или по e-mail illumina@interlabservice.ru