Современные методы амплификации нуклеиновых кислот ПЦР и реакция транскрипционной амплификации НАСБА в реальном вреиени – эффективные инструменты лабораторной диагностики урогенитальной хламидийной инфекции

Современные методы амплификации нуклеиновых кислот ПЦР и реакция транскрипционной амплификации НАСБА в реальном вреиени – эффективные инструменты лабораторной диагностики урогенитальной хламидийной инфекции

Распространенность хламидийной инфекции

Хламидийная инфекция (ХИ) относится к наиболее распространенным инфекциям, передаваемым половым путем (ИППП). По данным Всемирной Организации Здравоохранения во всем мире ежегодно регистрируется около 90 млн. новых случаев ХИ. Согласно ежегодным отчетам  CDC заболеваемость  хламидийной инфекций неуклонно возрастает – за десять лет  с 1996 г по 2005г. число новых случаев  хламидийной инфекции на 100 тыс. населения регистрируемых в год увеличилось с 190 до 332 [1]. В Российской Федерации в 2004 г  уровень заболеваемости  составил 101 случай (на 100 тыс. населения) и, по-видимому, это лишь малая часть реально инфицированных лиц [2]. Наиболее часто инфекции подвержена сексуально активная часть в возрасте 17-25 лет.

Роль хламидийной инфекции в репродуктивной патологии

Возбудитель урогенитальной ХИ – Chlamydia trachomatis – облигатный внутриклеточный паразит со сложным циклом развития. C.trachomatis  имеет строгую специфичность в отношении цилиндрического эпителия цервикального канала, уретры и прямой кишки. Примерно у половины женщин с хламидийной инфекцией возбудитель обнаруживается, как в цервиксе, так и в уретре, у одной трети – только в цервиксе, и у 15-20% - изолированно в уретре [3]. Колонизация слизистых оболочек C.trachomatis приводит к развитию воспалительной реакции, проявляющейся в различных клинических формах, у женщин в форме гнойно-серозного цервицита, уретрита или проктита, у мужчин  - уретрита и проктита. Кроме того, у  новорожденных, при прохождении родовых путей инфицированной матери может развиваться хламидийная инфекция в форме конъюнктивита и пневмонии. Однако примерно у 75% женщин и у 50% мужчин инфекция может протекать с незначительными клиническими проявлениями и долгое время оставаться нераспознанной [4]. Результаты последних исследований показывают что у примерно 12% мужчин с ХИ отсутствуют не только клинические проявления, но и лабораторные признаки уретрита, такие как повышенной содержание полиморфноядерных лейкоцитов в моче и мазках из отделяемого уретры [5].

Клиническое и социальное значение УХИ заключается не столько  в развитии острой инфекции, которая, как уже отмечалась, в большинстве случаев протекает малосимптомно, сколько развитии осложнений вызванных этой инфекцией. Длительное бессимптомное течение создает благоприятные условия для распространения инфекции с нижних отделов урогенитального тракта на органы малого таза,  а также  для передачи возбудителя другим половым партнерам. У мужчин наиболее частое осложнение – эпидидимит. У женщин – восходящая инфекция может приводить к развитию ВЗОМТ в форме эндометрита, сальпингита, сальпингоофорита, перигепатита, которые в свою очередь могут заканчиваться  серьезными нарушениями репродуктивной функции  с развитием эктопической  беременности и трубного бесплодия.

Доля трубного бесплодия среди всех случаев бесплодия колеблется в пределах от 40% для развитых индустриальных стран и до 85% для развивающихся. Риск трубного бесплодия – составляет до 10% после первого эпизода ВЗМОТ, удваиваясь после каждого последующего. Женщины с ВЗОМТ в анамнезе имеют 7- , 10- кратный риск развития эктопической беременности.  Хронические тазовые боли вызванные ВЗОМТ наблюдаются у 24 – 75% женщин [6].  Особенно важным является то, что часто манифестация ХИ происходит уже на стадии осложнений. Лечение пациентов с осложненными формами хламидийной инфекции, как правило, более длительное и  не всегда позволяет добиться желаемого результата.

По оценке американских специалистов ежегодный материальный ущерб, связанный с осложнениями и последствиями перенесенной ХИ составляет 2 млрд $. У детей, родившихся от инфицированных матерей в 22-44% случаях развивается конъюнктивит новорожденных, у 11-20% детей развивается пневмония, которая может давать осложнения в более старшем возрасте. Перинатально приобретенные C.trachomats могу персистировать в носоглотке, урогенитальном тракте, или прямой кишке до 2-х лет и более.  [7]. Исходя из этого, является очевидным тот факт, что  раннее выявление инфекции позволяет предотвратить не только ее дальнейшее распространение, передачу потомству, но и снизить риск развития тяжелых осложнений нарушающих репродуктивную функцию.

Другой особенностью ХИ, как впрочем, и ряда других ИППП является отсутствие специфических клинических признаков, позволяющих поставить этиологический диагноз. Этиологическими агентами цервицита, ВЗОМТ могут быть гонококки, микоплазмы и другая патогенная и условно-патогенная флора. В последние годы отмечается высокая частота смешанных инфекций, вызванных сочетанием нескольких патогенных  и/или условно-патогенным микроорганизмов. Обнаружено, что хламидийная инфекция сопровождает гонококковую инфекцию в 40% у женщин и 10-20% мужчин. В 75% ХИ сопровождается инфекцией, вызванной условно-патогенными микроорганизмами – рода Ureaplasma [8, 9].

Подытоживая вышесказанное,  следует еще раз подчеркнуть, что с одной стороны далеко не каждый случай ХИ заканчивается развитием тяжелых последствий, с другой стороны прогностические маркеры развития осложненных форм заболевания на данный момент изучены крайне слабо, и, наконец, значительная часть осложнений развивается на фоне длительного бессимптомного течения. В связи с этим, общая мировая практика направлена на выявление максимального числа инфицированных лиц, прежде всего на ранних сроках инфекции, и  лечение всех пациентов с установленной ХИ, а также их половых партнеров независимо от наличия и выраженности клинических проявлений. При этом  этиологический диагноз урогенитальной ХИ устанавливается только при обнаружении возбудителя – C.trachomatis с помощью  лабораторных методов.

Классические методы диагностики хламидийной инфекции

Метод клеточной культуры

Долгое время «золотым стандартом» диагностики ХИ являлся  бактериологический метод, основанный на культивировании хламидий в эукариотических клеточных линиях.  Несмотря на то, что указанный метод позволяет выделить возбудитель в  чистой культуре, что является наиболее бесспорным доказательством инфекции,  с точки зрения рутинного лабораторного исследования культуральный метод имеет ряд недостатков.

Поскольку хламидии – облигатные внутриклеточные паразиты, как и вирусы, то их культивирование в условиях in vitro проводят, используя эукариотические  клеточные линии McCoy или HeLa. Постоянное подержание клеточной культуры в состоянии, необходимом для высокоэффективного заражения хламидиями из клинического материала, процедуры пассажей, анализа и интерпретации результатов исследования включают большое количество ручных манипуляций,  требуя очень высокой квалификации персонала и большого опыта работы. Сам клинический материал необходимо хранить в условиях, обеспечивающих сохранение жизнеспособности и инфекционных свойства возбудителя. Для получения результатов исследования, особенно при низкой посевной дозе возбудителя необходимо проводить серию пассажей, а окончательный анализ культурального исследования осуществляется через 48-72 часов.

Наконец, персоналу приходится постоянно работать с высококонцентрированным инфекционным материалом, получаемым в процессе культивирования клинических изолятов, что предъявляет высокие требования к биологической безопасности лабораторий [8]. В связи с этим метод не пригоден для скрининговых исследований, к тому же, будучи методом с практически абсолютной специфичностью, как показали  результаты  многочисленных экспериментов диагностическая чувствительность культурального метода находится не превышает 90%
[ 10 ].

Иммуноморфологические методы

Наибольшее распространение в рутинной лабораторной практике  получили иммуноморфологические методы – методы прямой и непрямой иммунофлуоресценции (ПИФ и нПИФ), основанные на выявлении структур, содержащих хламидийные антигены, как правило, это -  эпителиальные клетки инфицированные хламидиями или элементарные тельца хламидий. Материал – отделяемое слизистых оболочек обследуемых отделов урогенитального тракта, помещенное на предметное стекло обрабатывается антихламидийнами моно- или поли-клональными антителами, конъюгированными с флуоресцентными метками, после чего проводится визуальная оценка с использованием люминисцентного микроскопа.

Наличие C.trachomatis-антиген-содержащих структур определяют по характерной картине свечения. Несмотря на то, что выполнение всей процедуры не требует дорогостоящего оборудования и большого количества манипуляций, анализ и интерпретация результатов требует хорошо обученного квалифицированного персонала, значительного времени  для подробного и тщательного изучения  каждого полученного препарата. Интерпретация результатов ПИФ в значительной степени зависит от качества получения материала, в первую очередь из цервикального канала, который в норме содержит достаточное количество слизи. Неправильно полученный материал, без достаточного количества эпителиальных клеток, с избытком слизи может снизить диагностическую чувствительность в 10 раз. [11]. 

В 1986 г. Коллегия Патологов Америки инициировала комплексную оценку использования метода ПИФ для диагностики хламидийной инфекции проводимой разными лабораторями США. В отчетном докладе по результатам за 1986-1992гг.  указывается на значительные расхождения в выполнении процедуры фиксации, учета количества элементарных частиц, необходимых для положительного заключения о наличии инфекции, используемых в работе антител. Снижении порога значимости ниже 10 флуоресцирующих включений в поле зрения приводило к снижению специфичности теста. Авторы отчета подчеркивают, что в значительной степени результаты зависели от подготовленности, опыта и длительности работы лабораторного персонала [10].

Диагностическая чувствительность иммуноморфологических методов находится в пределах от 50-80%. Помимо описанных методов, как исторический этап в развитии лабораторной диагностики хламидийной инфекции использовались и цитоскопические методы с окраской по Романовскому-Гимзе, однако чувствительность и специфичность данных методов уступала методу ПИФ и тем более культуральному.

Иммунологические методы

Следует особо остановиться на использовании серологических методов диагностики хламидийной инфекции, подчеркнув, что в отличие от выше описанных методов, направленных на выявление самого возбудителя, серологические методы основаны на выявлении циркулирующих в периферической крови антихламидийных антител разных классов – IgA, IgM, IgG т.е. являются непрямыми. Положительные результаты серологических методов отражают имевшийся контакт с хламидийными антигенами и не позволяют надежно дифференцировать перенесенную хламидийную инфекцию - от текущей.

Более того при  ранней и неосложненной  инфекции контакт с центральным звеном  иммунной системы долгое время остается минимальным, не позволяя добиться уровня ее сенсибилизации, необходимого для выработки достаточной для определения количества  антител.  В этом случае даже определение ранних антител – IgM в большинстве случаев не эффективно. К этому следует добавить то, что  хламидии являются слабыми иммуногенами, а воспалительная реакция  носит преимущественно  местный характер.

Использование данных методов для диагностики ранней и хронической неосложненной хламидийной инфекции малоинформативно.  Ценность   результатов серологических исследований возрастает при изучении этиологии ВЗОМТ, трубного бесплодия, особенно когда отсутствует возможность использования прямых методов диагностики. В этом случае, высокие титры антихламидийных антител, нарастающие в динамике могут служить диагностическим маркером патологического процесса, вызванного C.trachomatis. Однако окончательное установление этиологии заболевания требует прямого доказательства наличия возбудителя в очаге.

В заключение обзора традиционных методов диагностики ХИ нельзя не обойти важнейшую тему контроля качества лабораторных  исследований и преемственности результатов диагностики, выполненных в разных лабораториях. К сожалению, указанные методы, обладая значительной долей субъективности, не позволяют обеспечить стандартизацию лабораторных исследований в рамках разных лабораторий, а также проводить внешний контроль качества. Это в свою очередь затрудняет оценку получаемой информации о заболеваемости хламидийной инфекцией, объективности и правомочности поставленных  диагнозов.

Очевидно, что дальнейшее развитие лабораторных инструментов диагностики ХИ призвано компенсировать эти недостатки. Таким образом, решение задачи максимально полного выявления инфицированных лиц предполагает разработку новых методов диагностики, обладающих наибольшей аналитической чувствительностью и специфичностью, объективностью оценки результатов исследования и  позволяющих проводить масштабные скриниговые исследования. Проведенный анализ результатов большого количества лабораторий в США показал, что от 20% до 40% случаев хламидийной инфекции могут быть пропущены при использовании традиционных рутинных методов диагностики ХИ [12].

Молекулярно-биологические методы диагностики хламидийной инфекции

Развитие молекулярной биологии – открытие генетического кода, изучение структуры  и роли нуклеиновых кислот ДНК и РНК как хранилища генетической информации живой материи - открыло новые возможности в изучении и диагностике микроорганизмов. Накапливаемые данные об организации геномов микробов и вирусов,  изучение генетического полиморфизма, идентификация уникальных и специфических для разных видов микроорганизмов участков генома послужили реализации идеи использования генетического материала в качестве мишени для диагностики возбудителей инфекций. Поскольку наличие генетического материала является основополагающим принципом организации живых существ, то методы выявления ДНК и РНК относятся к прямым диагностическим инструментам.

Методы гибридизационного анализа

Исторически первыми молекулярно-биологическими методами стали методы, основанные на гибридизационном анализе с использованием олигонуклеотидных зондов. В отечественной литературе данные методы упоминаются как методы ДНК-, РНК-зондов. Олигноуклеотидные зонды – короткие искусственно синтезируемые молекулы ДНК или РНК, нуклеотидная последовательность которых  комплементарна специфическому участку генома микроорганизма. В случае наличия ДНК возбудителя в исследуемом образце зонд связывался с комплементарным участком, а результат такого связывания обнаруживался благодаря наличию в составе зонда радиоактивной или позже нерадиоактивной метки.

Серия первых работ по выявлению C.trachomatis с помощью ДНК-зондов позволили добиться чувствительности - 91%, однако  жесткие требования к условиям  работы с радиоактивными материалами, трудоемкость процедуры и низкая пропускная способность тестов на фоне относительно низкой чувствительности не позволили данным методикам найти широкое применение в рутинной лабораторной практике для диагностики ХИ.  Использование в составе зондов нерадиоактивных лигандов существенно расширило возможности совершенствования   технологий ДНК-зондов, и, в конечном счете, привело  к созданию коммерческих тест-систем и к значительно более широкому их использованию для диагностики ИППП.  За рубежом  наиболее распространенными коммерческими тест-системами на основе технологии гибридизационных зондов являются  «Digene Hybrid Capture» (Digene, San Diego, USA) и «Gen-Probe PACE 2» (Gen-Probe, San Diego, USA). В России данные зарубежные тест-системы ввиду высокой себестоимости анализа не получили широкого распространения, а отечественные коммерческие тест-системы на основе ДНК/РНК-зондов не созданы.

Методы амплификации нуклеиновых кислот (МАНК)

По-настоящему переломным этапом в развитии диагностики ХИ, как впрочем и других инфекционных заболеваний, стало появление молекулярно-биологических методов, основанных на амплификации нуклеиновых кислот (МАНК).  МАНК объединяют группу методов, использующих в качестве мишени короткий участок ДНК или РНК, уникальный для того или иного вида возбудителя, который с помощью специфических олигонуклеотидных праймеров (затравок)  энзиматически  многократно копируется (амплифицируется), причем накопление такого продукта происходит в геометрической прогрессии, по экспоненциальному механизму.  В результате, даже при наличии минимального исходного количества  возбудителя - теоретически одной копии его генома - в результате реакции амплификации, занимающей обычно 1-2 часа, происходит накопление продукта реакции, превышающее исходное количество фрагментов генома в миллионы и миллиарды раз. 

Тем самым, МАНК обладают наибольшей на сегодняшний день аналитической чувствительностью, что позволяет добиться обнаружения даже минимальных количеств микроорганизмов в исследуемом материале, и как следствие, выявить максимальное число инфицированных лиц, включая тех, у которых инфекция протекает с низкой плотностью обсемененности возбудителем.  Специфичность реакции главным образом определяется олигонуклеотидными праймерами, представляющими собой,  как и олигонуклеотидные зонды – короткие искусственно синтезируемые молекулы ДНК. На основе имеющийся  информации о структуре генома возбудителя,  праймеры разрабатываются таким образом, чтобы  обеспечить их  взаимодействие со строго специфическим участком генома данного вида. Таким образом достигается высокая диагностическая специфичность МАНК. 

Развитию направления амплификационных технологий положило изобретение в 1983 г. метода  полимеразной цепной реакции (ПЦР) имеющего поистине революционное значение для молекулярной биологии, биотехнологии и в последствии для клинической лабораторной диагностики. Зарубежные коммерческие МАНК в настоящее время включают тесты на основе ПЦР компании Roche Diagnostic Corporation (Basel, Switzerland)   «Cobas Amplicor CT/NG test» для выявления Chlamydia trachomatis и Neisseria gonorrhoeae  в материале из урогенитального тракта. На основе технологии SDA (Strand Displacement Amplification) выпускаются коммерческие тест-системы BDProbeTec ET для диагностики Chlamydia trachomatis   и Neisseria gonorrhoea - (Becton Dickinson Company, New Jersey, USA). Компания Gen-Probe (Digene, San Diego, USA) для выявления РНК C.trachomatis и N.gonorrhoeae выпускает тест-системы на основе реакции траскрипционной амплификации ТМА (Transcription Mediated Amplification). Многочисленные и многолетние  исследования показали бесспорное преимущество МАНК пред не-амплификационными методами.

Диагностическая чувствительность данных тестов находится в пределах 85-98%, а чувствительность тестов последнего поколения вплотную приближается к 100%. Кроме того, к дополнительным преимуществам этих методов следует отнести отсутствие столь высоких, как в случае бактериологических исследований, требований к условиям хранения и транспортировки  клинического материала и необходимости в сохранении жизнеспособности возбудителей; и как в случае цитологических и микроскопических методов отсутствие жестких требований к качеству исследуемого материала.

Благодаря высокой чувствительности и специфичности стало возможным исследовать материал, получаемый неинвазивным путем – мочу, отделяемое влагалища, благодаря чему во многих развитых странах налажен скрининг населения, входящего в группу риска  на наличие ХИ. В проспективном исследовании, проведенным Scholes было показано, что подобный скриниг позволил добиться снижения случаев ВЗОМТ на 56% [13]. Наконец существует  возможность определять несколько различных возбудителей в одном клиническом образце - все описанные коммерческие тесты позволяют проводить одновременное исследование на два возбудителя - C.trachomatis и N.gonorrhoeae, часто присутствующих в ассоциированной форме.

ПЦР в очень упрощенном виде воспроизводит процесс удвоения генетического материала – ДНК при клеточном делении. В  ПЦР также используются ключевые компоненты необходимые для удвоения ДНК: термостабильная ДНК-полимераза, синтетические олигонуклеотидные праймеры - по одному для каждой цепи и 4 типа нуклеотидов, из которых синтезируется полинуклеотидная цепь.  Реакция амплификации  состоит из трех циклически повторяющихся этапов, которые включают: разделение двух цепей ДНК на одиночные, гибридизацию праймеров со специфическими участками своих цепей с инициацией синтеза новых цепей, который заканчивается появлением новых двухцепочечных молекул ДНК. Вновь образовавшиеся двухцепочечные молекулы ДНК включаются в следующие циклы амплификации. В результате повторяющихся 30-45 циклов амплификации концентрация специфических фрагментов ДНК - ампликонов, накапливаясь в геометрической прогрессии, увеличивается  в  106-109 раз.   Каждый этап цикла протекает при разной температуре, поэтому для проведения ПЦР разработаны и используются программируемые термостаты или амплификаторы.  Таким образом, ПЦР – это воспроизведение в условиях in vitro не всего генетического материала микроорганизма, а только небольшого фрагмента ДНК – строго, специфического для данного вида возбудителя.

Для того, чтобы объективно понимать возможности и «подводные камни» необходимо напомнить, что  ПЦР-исследование на наличие возбудителя в клиническом материале включает три технологические связанные друг с другом последовательные процедуры, которые в силу специфики технологии  должны выполняться в отдельных боксированных лабораторных зонах.

Первый процедура – обработка клинического материала, целью которой является экстракция и очистка нуклеиновых кислот от других клеточных или внеклеточных компонентов. Присутствующие в клиническом материале разнообразные вещества – белки, полисахариды, соли, и др. могут подавлять (ингибировать) реакцию амплификации, тем самым, приводя к появлению ложно-отрицательных результатов.

Следует подчеркнуть, что накопленный на сегодняшний день опыт позволил разработать и внедрить в виде коммерческих наборов эффективные и достаточно простые методы пробоподготовки и свести данную проблему к минимуму. Более того,   за рубежом ряд  компаний выпускают автоматические экстракторы нуклеиновых кислот, позволяющие свести к минимуму фактор лабораторного персонала на этом этапе. Среди зарегистрированных в нашей стране стоит отметить прибор - Nuclisense EasyMag производства компании bioMerieux (Франция), позволяющий в автоматическом режиме проводить экстракцию ДНК и РНК из самого широкого спектра клинического материала – крови, ликвора, отделяемого урогенитального тракта, мокроты и мочи. Однако высокая стоимость самого прибора и реагентов сдерживает его широкое использование в лабораторной практике.

Вторая процедура ПЦР-исследования - собственно постановка и проведение реакции амплификации, в результате которой, как описывалось выше, при наличии очищенного препарата ДНК возбудителя образуется продукт амплификации – огромное множество идентичных коротких фрагментов – ампликонов, являющихся  многочисленными копиями определенного специфического участка генома микроорганизма.

После этого проводится третья процедура, которая  заключается в  идентификации продуктов амплификации и окончательном анализе результатов ПЦР-исследования. Наиболее распространенным способом детекции продуктов ПЦР в нашей стране до последнего времени оставался электрофорез в агарозном геле – метод простой, не требующий дорогостоящего оборудования, но создающий высокий риск контаминации продуктами амплификации. Процедура  детекции  состоит в извлечении продукта амплификации из пробирок и внесение в агарозный гель для электрофоретического анализа. 

Как уже описано выше, в процессе ПЦР образуется огромное количество продуктов амплификации – коротких двухцепочечных фрагментов ДНК или ампликонов. Ампликоны являются одновременно и продуктом амплификации и матрицей для  последующих раундов амплификации. В случае попадания ампликонов после проведения электрофореза в новую партию исследуемого клинического материала или в реактивы,  возможна их новая амплификация и появление положительных результатов в отсутствие ДНК определяемого возбудителя, т.е. - ложно-положительных результатов.

Собственно говоря, риск контаминации продуктами амплификации – основной «подводный камень» препятствовавший широкому внедрению ПЦР в рутинную лабораторную практику и вызывающий скепсис относительно достоверности результатов ПЦР-исследования.  В этих условиях основным способом снижения риска контаминации ампликонами служит  строгое соблюдение существующих правил организации ПЦР-лаборатории, предполагающее разделение лаборатории на зоны для проведения разных процедур ПЦР-анализа (обработки клинического материала, постановки ПЦР и проведения электрофореза) и строгое соблюдение  правил поведения лабораторного персонала в соответствующих зонах.

Существование гель-электрофореза затрудняло полноценную интеграцию метода ПЦР в инфраструктуру диагностической лаборатории. Однако ситуации принципиально изменилась с появлением модификации метода ПЦР, позволяющей совместить амплификацию с одновременной детекцией накопления ее продуктов непосредственно в процессе реакции, при этом,  не прибегая к их извлечению из пробирок. Такая модификация ПЦР за рубежом получила название - Real-Time PCR или «ПЦР в реальном времени».

ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) – новые возможности диагностики хламидийной инфекции

Первые работы посвященные ПЦР-РВ появились в начале 90-годов прошлого века. В работе [14] возможность регистрации накопления сигнала флуоресценции  флуоресцентных красителей,  которые связываются с накапливаемыми в процессе реакции ампликонами, и используются при гель-электрофорезе. Однако по-настоящему использование всех возможностей метода ПЦР-РВ стало возможным с появлением технологии флуоресцентно-меченных зондов (ФМ-зондов), которые  добавляются  в ПЦР-смесь  и при появлении специфического продукта амплификации гибридизуются с ним, вызывая  увеличение уровня  флуоресцентного сигнала. Для этих целей разработаны специальные приборы, совмещающие в себе амплификатор и флюориметрический детектор.

Как уже стало очевидным, ПЦР-РВ не предполагает пост-амплификационный анализ продуктов реакции и извлечение контаминационно-опасного содержимого пробирок. Следовательно, значительно снижается риск контаминации и отпадает необходимость в отдельной лабораторной зоне. Еще больше увеличивается объективность интерпретации результатов ПЦР-исследования, поскольку обработка ведется с помощью программного обеспечения прибора. Значительно, практически в два раза,  сокращается общее время исследования позволяя получить результат уже через 1.5 – 2 часа после поступления клинического материала в лабораторию.  За рубежом компанией Abbott Molecular Inc. разработана и выпускается автоматическая платформа для выявления C.trachomatis и N.gonorrhoeae на основе технологии ПЦР-РВ.  [15].

Достоинство и преимущество метода ПЦР-РВ состоит не только в упрощении организации ПЦР-лаборатории и увеличении достоверности результатов ПЦР-анализа. Данный метод впервые позволяет проводить количественную оценку содержания ДНК микроорганизма в клинической пробе. Еще на заре первых  работ посвященных методу ПЦР-РВ был сделан крайне важный вывод  о прямой зависимости исходного количества амплифицируемой ДНК и началом регистрации флуоресцентного сигнала [14]. На основании чего были разработаны протоколы определения  концентрации ДНК возбудителей, имеющие важное клиническое и диагностическое значение. 

В литературе имеются работы, которые показали, что существует  корреляция между выраженностью клинических проявлений при ХИ и концентрацией C.trachomatis в отделяемом урогениального тракта. [16]. Анализируя причины неудачи терапии некоторых пациентов с ХИ, делается предположение о возможной связи между исходной высокой плотностью колонизации хламидиями и формированием гетеротипической устойчивости хламидий к антибактериальным препаратам. Возможно, что определение исходной концентрации ДНК C.trachomatis позволит в дальнейшем прогнозировать ответ на антибактериальную терапию и выбирать наиболее оптимальную схему лечения. Кроме того, выявление низкой концентрации ДНК C.trachomatis в отделяемом урогенитального тракта позволит более объективно оценивать и объяснять несовпадающие результаты амплификационных и не-амплификационных методов диагностики ХИ.

В нашей стране уже разработаны тест-системы на основе ПЦР-РВ и  налажено их серийное производство. Тест-системы производства ФГУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора с торговой маркой «Амплисенс» для выявления C.trachomatis и возбудителей других ИППП прошли Государственную регистрацию и получили Регистрационные удостоверения Росздравнадзора.

NASBA-Real-Time (реакция транскрипционной амплификации НАСБА в реальном времени)

В качестве  альтернативы ПЦР, в основе которой лежит принцип удвоения генетического материала при делении клеточных систем, в 1990г. была предложена методика, моделирующая в условиях in vitro репликацию ретровирусов, где в качестве мишени для амплификации служит одноцепочечная молекула РНК. Методика, названная «Self-Sustained Sequence Replication» или 3SR, базируется на конкурентном действии  трех ферментов, участвующих в ретровирусной репликации - обратной транскриптазы, рибонуклеазы Н (РНКазаН) и ДНК-зависимой РНК-полимеразы. Реакция протекает с участием специфических праймеров при постоянной температуре. В результате реакции амплификации за 60-90 минут образуется до 109 -1012 копий РНК.

В 1991г. в  оптимизированном и более совершенном виде технология на основе  3SR была использована для диагностики ВИЧ  под названием NASBA (Nucleic Acid Sequence-Based Amplification). В настоящее время NASBA является запатентованным названием технологии,  на базе которой выпускаются коммерческие наборы  реагентов с  торговой маркой  «NucliSens» (bioMerieux, Франция). Близким аналогом реакции НАСБА является упомянутая выше реакция транскрипционной амплификации ТМА, запатентованная компанией GenProbe (США).

Следует выделить некоторые особенности технологий НАСБА и ТМА которые могут иметь преимущество  перед ПЦР при диагностике инфекционных агентов. Как уже было сказано, мишенью для 3SR-амплификации в отличие от ПЦР служит молекула РНК, а  использование при диагностике бактериальных инфекций рибосомной РНК может давать  некоторые преимущества. Во-первых, количество копий  рибосомной РНК, входящей в состав рибосом, может достигать от нескольких сотен до нескольких десятков тысяч на клетку, обеспечивая  даже при минимальной концентрации бактериальных клеток в пробе достаточно высокую концентрацию  мишеней для амплификации. В настоящее время считается что последнее поколение тест-систем ТМА  - «TMA –APTIMA Combo-2 Assay» обладают самой высокой среди других МАНК аналитической чувствительностью для C.trachomatis, позволяя улавливать единичные бактерии. В связи с этим диагностическая чувствительность таких тестов приближается к 100%.

Во-вторых, РНК гораздо менее стабильный  по сравнению с ДНК материал и результаты диагностики на основе НАСБА могут более адекватно отражать  эффективность проводимой  антибактериальной терапии. Поскольку ДНК C.trachomatis благодаря своей стабильности  может достаточно долго выделяться из урогенитального тракта после успешно проведенной терапии, то контроль излеченности рекомендовано проводить  через 3-4 недели после окончания лечения. В то же время  РНК достаточно быстро деградирует при гибели и разрушении клетки, поэтому на основании РНК-диагностики можно более точно судить о наличии или отсутствии жизнеспособных возбудителей и текущей инфекции. Первые результаты по возможности использования реакции НАСБА как инструмента контроля эффективности лечения были описаны в работе [17]. Было показано, что РНК C.trachomatis не определялась ни у одного больного через неделю после окончания терапии, в то время как ДНК обнаруживалась у некоторых больных на протяжении еще 2-, 3-х недель. Проведенные в нашей стране исследования также показали, при эффективном лечении элиминация РНК C.trachomais осуществляется значительно быстрее, чем ДНК. В результате реакция НАСБА позволяет не только добиться высокой чувствительности при обнаружении C.trachomatis, но при этом обнаруживать жизнеспособные микроорганизмы.

Разработка коммерческих тест-систем на основе реакции  НАСБА стала возможной после появления технологии ФМ-зондов. В отличие от метода ПЦР для анализа  продуктов  реакции НАСБА использование метода гель-электрофоореза малоинформативно, поэтому в нашей стране данная методика долгое время оставалась неизвестной. Благодаря технологии ФМ-зондов стало возможным регистрировать накопление продуктов амплификации в режиме реального времени, по аналогии с ПЦР-РВ[…]. В результате с использование базовых реагентов для реакции НАСБА («Nuclisens Basic Kit») и специфических для  C.trachomatis праймеров и ФМ-зондов была разработана тест-система «Амплисенс Chlamydia trachomatis-РИБОТЕСТ», успешно пройдя Государственные испытания получила  Регистрационное свидетельство Росздравнадзора.

Появление в России альтернативных методов диагностики ХИ, такого как НАСБА с высокой чувствительностью и специфичностью, но использующего другую мишень для амплификации и другой принцип позволит более объективно оценивать несовпадающие результаты  разных методов диагностики. В частности в работе [17] при сравнении метода ПЦР с культуральным методом было  получено 8 результатов положительных методом ПЦР и отрицательных культуральным методом. Использование в качестве независимого дополнительного метода  - НАСБА позволило подтвердить положительные результаты ПЦР.

Заключение

В заключении следует отметить, что в нашей стране сложилась благоприятная ситуация, позволяющая благодаря новым технологиям, таким как ПЦР в реальном времени и НАСБА поставить диагностику хламидийной инфекции на качественно более высокий уровень. Создана производственно-технлогическая база  для выпуска стандартизованных и зарегистрированных коммерческих тест-систем, парк необходимого оборудования и разработанных лабораторных технологий диагностики. Широко внедрение данных технологий в масштабе всей страны позволит  наладить программу раннего выявления ХИ, обеспечить мониторинг результатов проводимого лечения, и тем, самым снизить последствия этого тяжелого заболевания.

Литература

1. CDC, STD Surveillance 2005 National Profile
2. Информационный бюллетень, 2005 ГУ ЦНИКВИ
3. Paavonen J. And Eggert-Kruse W., “Chlamydia trachomatis: impact on human reproduction”. Human Reproduction Updare 1999, Vol 5., p. 433-447
4. Gaydos C.A. Howell M.R., Pare B. et al., “Chlamydia trachomatis infection in female military recruits”.   N.Engl. J Med 1998., 339., 739-744
5. Geisler W.M., et. al. Chlamydial and gonococcal infection in men without polymorphnonuclear leucocytes on Gram Stain. STD., 2005 V32., p. 630-634
6. Westrom L.V., Sexually transmitted diseases and infertility, Sex.Transm. Dis., 1994, 21 S32-S37
7. Stamm W.E. Principles  and Practice of Infectious  Diseases, 2006
8. Савичева А.М., Башмакова М.А. Урогенитальный хламидиоз у женщин и его последствия. Издательство НГМА «Медицинская книга» 1998
9. Кисина В.И., Забиров К.И. Урогенитальные инфекции у женщин. Клиника Диагностика Лечение. Москва 2005.
10. Black C.M. Current Methods of Laboratory Diagnosis of Chlamydia trachomatis Infection. Clin .Microbiol.Rev., v10., p.160-184
11. Welsh LE, et.al.,  Influence of Endocervical Adequacy on PCR and DFA for detection of C.trachomatis, JCM, 1997, v. 35., p.3078-3081.
12. Battle T.M. et al. Evaluation of Laboratory Testing Methods for C.trachomatis in the Era of NAAT., JCM., 2001., v. 39., p2924-2927.
13. Scholes D., et.al., Prevention PID by screening  for cervical chlamydial infection., N Engl J Med., 1996, v.334, p. 1362-1366.
14. Higuchi R. et al., Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reaction, Biotechnology (NY) 1993, v. 11, p. 1026-1030.
15. Marshall R. et.al.,  Characteristic of the m2000 Automated Sample  Preapration and Multiplex Real-Time PCR System for Detection of C.trachomatis and N.gonorrhoe., JCM 2007., v. 45., p. 747-751.
16. Geisler W.M. et.al., Quantitative Culture of C.trachomatis : Relation to Clinical Manifestation., JID., 2001., v. 184., p.1350-1354 
17. Morre S., Sillekens P., Jacobs M.V., et al. RNA amplification by nucleic acid sequence-based amplification with an internal standard enables reliable detection of Chlamydia trachomatis in cervical scrapings and urine samples // J. Clin. Microbiol. 1996. — Vol. 34. — P. 3108–3114.
18. Шипицина Е.В., с соавт. Применение метода NUCLEIC ACID SEQUENCE -BASED AMPLIFICATION в реальном времени (NASBA-REAL-TIME) для диагностики урогенитальной хламидийной инфекции. Журнал Акушерства и женских болезней., том. LIV выпуск 4/2005, стр. 17-21.