Масс-спектрометр «Autof MS» (AutoBio Diagnostics)

* Фильтр пропускает ионы только в выбранном диапазоне масс. Преимуществом данной опции является увеличение разрешения и качества спектра за счет снижения фонового шума, а также увеличение срока службы детектора (меньше "ионных ударов").

Вспомогательное общелабораторное оборудование подбирается в зависимости от типа исследуемых образцов и выбранного метода пробоподготовки. Для подготовки образцов микроорганизмов могут понадобиться ламинарный бокс, холодильник, термостат с возможностью нагрева до 40°С, вортекс, центрифуга с ротором под пробирки, дозаторы.

• Микроорганизмы: бактерии, грибы (автоматическая идентификация)
• Белки (ручная идентификация)
• Нуклеиновые кислоты (опционально)

Есть два типа металлических пластин:

1) Одноразовая, состоящая из двух частей – самой пластины и адаптера, рекомендуется проводить не более 5 процедур очистки, иначе это может снизить качество результатов.

2) Многоразовая, выдерживает до 200 процедур очистки.

Есть разные методики пробоподготовки для разных типов микроорганизмов:

• метод прямого нанесения колоний на пластину;
• метод с предварительной экстракцией;
• пробоподготовка для жидких культур;
• отдельные методики для подготовки образцов мицелиальных грибов, микоплазмы, мукоидных бактерий и др.

Рабочий диапазон: 1 – 500000 Да. Диапазон, используемый для идентификации микроорганизмов: 2000 – 20000 Да.

Полученные спектры сопоставляются программным обеспечением с базой данных. Достоверность идентификации выдается в баллах в соответствии со следующей шкалой:

9,5 - 10 – определение до вида/штамма;

9,0 - 9,5 – надежная идентификация до рода, вероятная идентификация до вида;

6,0 - 9,0 – вероятная идентификация до рода;

0 - 6,0 – ненадёжная идентификация.

• Оценка степени корреляции полученного спектра с базой данных.
• Соотношение интенсивности сигнала к фоновому шуму.
• Использование калибратора.
• Проведение постановок с положительными контрольными штаммами и отрицательным контролем.

Результаты идентификации могут быть не достоверными для некоторых групп микробных комплексов при использовании масс-спектрометрии. В таком случае требуется подтверждение сложно дифференцируемых видов/штаммов с помощью другого метода.

В таблице ниже представлены виды/комплексы, имеющие ограничения при использовании технологии MALDI-TOF.

Да, такая возможность есть. Для моделей MS1600 и MS2600 данный режим предустановлен, для моделей MS1000 и MS2000 – является опциональным. Система позволяет анализировать до 40-60 точек в одной лунке чипа. Мультиплексность достигается за счёт различий в массах удлиняемых праймеров. Принцип работы системы схож с электрофорезом – короткие более легкие фрагменты летят быстрее и детектируются раньше, более тяжелые – позже.

Сырые данные можно выгрузить в следующих форматах:

• .spectrum (файл спектра).
• .txt (таблица с характеристиками полученного спектра: отношение m/z, высота пика, область пика, соотношение сигнала к шуму, разрешение):
• .png (любые изображения, получаемые при идентификации и анализе спектров, спектры, графики и т.д.)

Результаты идентификации выдаются в формате отчетов, содержащих информацию об образцах и оценку соответствия исследуемых образцов данным из базы. Отчёт с расшифровкой результатов исследования можно сформировать как для отдельного образца, так и для всех образцов в запуске.

Да, есть возможность создания собственной базы данных спектров. При этом спектры должны быть получены на одном из приборов линейки «Autof MS».

В базе данных ПО, установленной разработчиком вместе с масс-спектрометром линейки «Autof MS». Файлы автоматически никуда не выгружаются и физически находятся на компьютере клиента.

От 10 до 24 идентичных спектров, соответствующих требуемым характеристикам полученного спектра: интенсивности пиков, соотношению сигнала к шуму, разрешению.

Да, Autof MS может быть интегрирован в ЛИС.

Интеграция с другими приборами: в ПО Autof Acquirer есть предустановленный лаунчер для связи с прибором AutoMimo, для связи с AutoMic-i600 предусмотрена автоматическая передача результатов идентификации, есть возможность для подключения к ЛИС.

Тестирование пищи

• Определение патогенов, в том числе Campylobacter, Cronobacter, Salmonella, Legionella, Listeria, Bacillus, Aspergillus и т.д.
• Определение видовой принадлежности продуктов питания.

Лабораторные исследования

• Микозы человека, животных и растений (более 360 видов мицелиальных грибов, включая Fusarium, Microsporum, Rhizopus, Trichophyton).
• Идентификация анаэробных кишечных бактерий (более 400 видов).
• Анализ положительных гемокультур и биологических жидкостей.
• Определение антибиотикорезистентности (бета-лактамазная и карбапенемазная активность).
• Субтипирование микроорганизмов.

Ветеринария: проверка угрозы зоонозных патогенов (например, Bacillus anthracis).

Тестирование воды: возбудители наиболее распространенных заболеваний, передающихся через воду; 729 видов, обитающих в водной среде, которые можно использовать в мониторинге качества воды и в других областях.

Генотипирование: анализ однонуклеотидных полиморфизмов (SNP).